1973-ban Muhammad Záhir sahot államcsínnyel megbuktatták, így Afganisztánban közel 50 év után véget ért a királyság, s kikiáltották a köztársaságot. Öt évvel később Muhammad Daud elnököt is puccs során gyilkolták meg. Az ország élére a Nur Mohammed Taraki vezette marxista kormány került. 1979 szeptemberében Taraki ellen is államcsínyt hajtottak végre. Elkergették, s helyébe Hafizulláh Amin tépett. A vidék lakossága ádáz ellenállást tanúsított, ezért a kormány csak úgy látta biztosítottnak hatalmát, ha segítséget kér a Szovjetuniótól. A szovjetek örömmel fogadták a fejleményeket: a cári időkre visszanyúló, dédelgetett álmukat, az ország „hátsó kapujának” felügyeletük alá vonását remélték megvalósulni. 1979 decemberében lépték át az afgán határt. Eltávolították hivatalából Amint, helyébe Babrak Karmalt iktatták be, őt követte 1986 májusában Mohammed Nadzsibulláh. Afganisztán Népi Demokratikus Pártjának főtitkára.
A klánok közli rivalizálást, harci kedvüket és vérfürdők rendezésére való hajlandóságukat új forrás táplálta. Az ország megoszlott a szovjet hadsereg által támogatott marxisták és a mindenre elszánt, de szervezetlen ellenállók között, akik időnként még egymás ellen is fegyvert ragadtak. A szovjet csapatok rajtaütéses harcmodorukról híres, elkeseredett törzsi harcosokkal találták szemben magukat.
A szovjetek főleg bombázáshoz és gyors földi bevetésekhez folyamodtak, mert a gerillák azon nyomban eltűntek, mihelyt nagyszámú katona jelent meg a színen. Fokozták a bombázást, nem kímélve a földeket és falvakat, a készleteket és a nyájakat sem, így a vetés elmaradt, s néhány helyen komoly éhínség fenyegetett. A háború előtti 22 000 földművelő faluból 12 000 semmisült meg vagy vált lakatlanná. A Nyugat által szállított légvédelmi rakétákkal azonban az ellenállók is folyamatosan támadták a szovjet légierőt.
A Szovjetuniónak a háború évente 1500 millió USA-dollárnak megfelelő összegbe került, mégis csak a városokat tudta ellenőrzése alá vonni. Keresni kezdték a megegyezés módját. 1988 májusában életbe lépett a Genfben aláírt rendezési terv – 140 000 főnyi szovjet katonaságot vontak ki Afganisztánból, a hadsereg maradéka pedig 1989. február 15-én hagyta el az országot.
1992. április 28-án a diadalmaskodó mudzsahid („szent harcosokból” álló) csoportok kikiáltották az Afgán Iszlám Államot. Ugyanezen év decemberében a mudzsahidek Afganisztán elnökévé választották az Iszlám Társaság nevű szervezethez tartozó Burhanuddín Rabbanit, miniszterelnökké pedig Gulbuddín Hekmatjárt az Iszlám Pártból, hogy elejét vegyék a pártok közötti torzsalkodásoknak. Mindkét megbízatás kétéves időtartamra szólt, mely 1994-ben járt volna le. A koalíció azonban hamar szétesett, és a stabil kormányzás ma is csak vágyálom. Mindamellett az egyik fegyveres csoport, a fundamentalista nézeteket valló Talibán Milícia viszonylagos hatalmi szerephez jutott. Az ország D-i részéből É felé haladva ellenőrzése alá vonta Kabult és az ÉK-i régió kivételével szinte az egész országot. A Mazari-Sharifot és a Pandzs völgyét magában foglaló ÉK-i országrész üzbég törzsi lakossága azonban nem hajlandó a Talibánnak alávetni magát.
