Berlint a XIII. században kereskedők alapították. Szomszédja Cölln volt. A két település 1307-ben egyesült. A cöllni halászok – a hely nevét őrzi a mai Neukölln kerület – a Spree folyó egyik szigetén éltek. Berlin – a mai Mitte kerület helyén – piacok köré szerveződött. Az abban az időben épült Nikolaikirche és Marienkirche ma is dísze a városnak. Cölln és Berlin kereskedelmi központ s a kereskedelmi útvonalak állomása volt Magdeburg és Poznan között. A délebbre elhelyezkedő köpenicki erődítmény mind- kettőnek védelmet nyújtott. Abban a régióban, amelyet korábban szláv törzsek laktak, a XIII. századra túlnyomó többségében német kereskedők éltek, akik a Rajna-vidékről, Vesztfáliából és Dél-Szászországból települtek át, majd Türingiából és a Harz-hegység területéről érkeztek. Berlin és Cölln 1307-ben összefogott a brandenburgi régió védelme érdekében, hogy a kereskedőket és parasztokat félelemben tartó és nyomorúságba kényszerítő bárókat megfékezze. A virágzó város csatlakozott a Hanza Szövetséghez. Rozzsal, gyapjúval, tölgyfával kereskedtek, a Kelet-Európából érkező bőrök és prémek raktározását intézték.
Berlin a Német-római Császárság gyakorlatilag autonóm végvára volt egészen 1448-ig, amikor II. Frigyes brandenburgi választófejedelem, a berliniek lázadását követően (Berliner Unwillen), átvette az ellenőrzést a város felett. Kezdetét vette a Hohen- zollem-dinasztia négyszázötven éves uralma.
A berliniek tanúbizonyságát adták függetlenség iránti vágyuknak a XVI. században, a reformáció idején is. A polgárok megelégelték a katolikus egyház által kiszabott sarcokat, 1539-ben, amikor a többi német fejedelemségben élőknek a fejedelem vallását kellett követniük, a berliniek elismertették II. Joachim választófejedelemmel a Martin Luther által hirdetett protestáns hitet.
A harmincéves háború (1618-1648) pusztulást okozott az országban, Berlint sem kímélte. Az uralkodók a katolikusokkal és a protestánsokkal is próbáltak egyezkedni, de mindkét felekezetet maguk ellen fordították, s végül Berlint megerősítés és védelem nélkül sorsára hagyták.
